Ur­sprüng­lich mit et­wa 20 Re­gis­tern auf zwei Ma­nua­len und Pe­dal aus­ge­stat­tet, be­fand sich die Orgel zu­nächst an der Stel­le des heu­ti­gen Fürs­ten­stuhls. Wäh­rend des Drei­ßig­jäh­ri­gen Krie­ges wur­de das In­stru­ment er­wei­tert: Die Pe­dal­tür­me der Or­gel aus dem Klos­ter Arns­burg – ver­mut­lich eben­falls von Wag­ner um 1607 er­baut – wur­den in­te­griert. Um sie vor Plün­de­run­gen zu schüt­zen, war die Or­gel zu­vor nach Lich aus­ge­la­gert wor­den.

Die Ge­schich­te der Or­gel ist ge­prägt von zahl­rei­chen Um­bau­ten und Er­wei­te­run­gen. Im Jahr 1861 ver­setz­te die Or­gel­bau­fir­ma Förs­ter & Ni­co­laus das In­stru­ment auf die West­em­po­re und nahm ers­te klang­li­che Ver­än­de­run­gen vor. Grö­ße­re Ein­grif­fe er­folg­ten 1913 mit der Ein­füh­rung ei­ner röhren­pneu­ma­ti­schen Trak­tur, Ke­gel­la­den, ei­nem frei­ste­hen­den Spiel­tisch, ei­nem Schwell­werk und neu­en Re­gis­tern. Wei­te­re An­pas­sun­gen wur­den 1941 vor­ge­nom­men, be­vor 1961 das lee­re Rück­po­si­tiv­ge­häu­se wie­der mit Re­gis­tern ge­füllt wur­de. Ein um­fas­sen­der Neu­bau im Jahr 1972 stell­te die me­cha­ni­sche Spiel­trak­tur wie­der her. Zu­letzt er­folg­ten 2002 Er­gän­zun­gen, die das heu­ti­ge In­stru­ment mit 39 Re­gis­tern zu ei­nem viel­sei­ti­gen Klang­kör­per ma­chen.

Der präch­ti­ge Or­gel­pro­spekt ist bis heu­te er­hal­ten und be­ein­druckt durch sei­ne kunst­vol­le Ge­stal­tung. Das Haupt­werk ist fünf­ach­sig ge­glie­dert: Der mitt­le­re Rund­turm, ge­krönt vom Habs­bur­ger Dop­pel­ad­ler und flan­kiert von den Fi­gu­ren Kö­nig Da­vids und Sa­lo­mos, wird von dop­pel­ge­schos­si­gen Flach­fel­dern mit ei­nem Spie­gel­prin­zi­pal er­gänzt. Seit­lich rah­men nied­ri­ge Spitz­tür­me, die von Solm­ser Lö­wen be­krönt sind, das Bild ein.

Be­son­ders mar­kant sind die Ver­zie­run­gen: Durch­bro­che­ne Holz­re­lie­fs schmü­cken die Pfei­fen­fel­der von Haupt­werk, Rück­po­si­tiv und Pe­dal. Das drei­glied­ri­ge Rück­po­si­tiv steht in der Brü­stung und ist eben­falls kunst­voll ge­stal­tet. Hier sind nur noch die be­mal­ten, stum­men Pfei­fen des Mit­tel­turm­s er­hal­ten.